在《高新技术企业认定管理办法》及《高新技术企业认定管理工作指引》中都明确标注，企业如有发生重大安全、重大质量事故或有严重环境违法行为的，将取消其高新技术企业资格。

历年来高新技术企业申报指南里，申报条件也包含要求企业在申请认定前一年内未发生重大安全、重大质量事故或严重环境违法行为。

为了防止虚假申报，加强对高新技术企业认定后的管理，深圳市建立了监督抽查机制，并按照《深圳市科技创新委员会监督执法“双随机一公开”实施细则》的要求，制定了高新技术企业监督执法现场抽查工作方案。

如果在抽查中发现企业存在认定材料弄虚作假、研发费用不符合条件（或没有设立单独的研发费用辅助账）、年度审计报告与汇算清缴时所得税报告不一致等问题，不仅会被取消资质，无法继续享受各项优惠政策，还将由税务部门追缴已享受的税收优惠；如企业涉及《税收征管法》第六十三条规定的偷税行为的，税务机关将按相关规定进行处罚。

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在《高新技术企业认定管理工作指引》中，明确了“累计两年未填报年度发展情况报表的，将取消高新企业资格”，且该报表逾期将不可补填。

《高新技术企业认定管理办法》第十三条规定，企业获得高新技术企业资格后，应每年5月底前在“高新技术企业认定管理工作网”填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表。

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在《高新技术企业认定管理办法》中，还提到如有未按期报告与认定条件有关重大变化情况的，由认定机构取消其高新技术企业资格。